En el control de plagas, enfermedades y malas hierbas se antepondrán, siempre que sea posible, los métodos biológicos, biotecnológicos, culturales y físicos a los métodos químicos. Estos métodos se utilizarán en el marco de estrategias que incluyan todos los aspectos de la explotación y del sistema de cultivo que favorezcan su control.
A priori se excluye la intervención con productos químicos, exceptuando aquellos considerados como biocidas con materias activas de origen bilógico. Dichas materias activas se seleccionarán siguiendo el criterio de elegir aquellas que proporcionen un control efectivo y sean lo más compatibles posible con organismos no objeto de control, evitando perjudicar a controladores naturales de plagas y a insectos beneficiosos. En cualquier caso, dichos tratamientos sólo tendrán el carácter de ensayo y se controlará los niveles de residuo. Además, se tomarán las medidas oportunas para afectar lo menos posible a la biodiversidad, protegiendo la flora y la fauna en las inmediaciones de las parcelas.
En todo caso, sólo podrán utilizarse en cada momento productos autorizados para el uso pretendido inscritos en el Registro de Productos Fitosanitarios del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente y aprobados expresamente para el cultivo en que se apliquen.
Tabla 1. Sistema de control de plagas y enfermedades
| Plaga y enfermedad | Medio de control recomendado |
| Hemípteros (Lygus spp. y Nycius spp.) | Control climático del invernadero |
| Trips (Frankliniella occidentalis) | Amblyseius swirskii y Stratiolaelaps scimitus (Hipoaspis) |
| Mosquito verde (Empoasca spp.) | Hipoaspis (Stratiolaelaps scimitus) |
| La podredumbre radicular: (Fusarium, Pythium y Rhizoctonia) | Trichodermas o endomicorrizas |
| Orugas (Spodoptera exigua y Spodoptera littoralis) | Bacillus thuringiensis Feromonas de confusión sexual en combinación con otros productos Lucha mecánica |
| La mosca del suelo o Sciridae | Hipoaspis (Stratiolaelaps scimitus) |
| Mosca Blanca: Bemisia tabaci | Control climático del invernadero con reducción de humedad e incremento de temperatura en combinación con Amblyseius swirskii |
| Pulgón | Gestión de malas hierbas y uso bunkers de pulgones |
| Botrytis (Botrytis Cinerea) | Control climático del invernadero en combinación con Bacillus amyloliquefaciens de forma generalizada Retirada de los órganos afectados durante floración. |
| Oidio (Sphaerotheca macularis) | Control climático del invernadero en combinación con Bacillus amyloliquefaciens de forma generalizada |
| Araña roja (Tetranychus urticae) | Phytoseilus persimilis, Amblyseius californicus y Amblyseius swirskii |
